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JRubyはインタプリタモードで動作しているときはRuby 1.8.6と比較して速度が7割ほどしかでていない。しかしインタプリタモードでもJava仮想マシンをサーバVMで動作させるとRuby 1.8.6よりも2.3倍ほど高速に、Ruby 1.9.1と比べると0.45倍ほどまで迫っている。 サーバVMのままさらにインタプリタからコンパイルモードに変えると、ほとんどRuby 1.9.1と変わらない実行速度を実現しており、さらに各種最適化を実施することで実行速度は向上し、How JRuby Makes Ruby Fastで紹介している限りでは最終的にRuby 1.8.6よりも50倍、Ruby 1.9.1よりも10倍高速な実行速度が計測されている。